El documento busca “poner en práctica acciones afirmativas con base en la orientación sexual, identidad de género, la expresión de género y/o las características sexuales, sustentadas en el respeto y garantía de los derechos humanos, con una perspectiva de género y no discriminación”. El alcance de dicho documento es para todas las procuradurías y fiscalías generales del país y deberá ser utilizado en cualquier caso en el que un integrante de la población LGBTTTI o que se asuma como tal esté involucrado en un procedimiento penal.

El protocolo establece que los principios orientadores que regirán las actuaciones por parte del personal en estas situaciones son: respeto a la dignidad, igualdad y no discriminación, enfoque diferencial y especializado, protección de datos personales, libre desarrollo de la personalidad, no victimización secundaria, protección integral a los derechos y no criminalización. El protocolo retoma algunas sugerencias de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos para identificar elementos que pudieran indicar que el delito cometido estuvo motivado por algún prejuicio como la brutalidad del crimen y signos de ensañamiento, insultos o comentarios denigrantes referentes a la orientación sexual y/o identidad o expresión de género de la víctima, el estatus de activista de la víctima, la naturaleza del lugar donde se llevó a cabo el crimen o la determinación de si la persona estaba o no con un grupo de personas LGBTTTI cuando los hechos ocurrieron.